Xác định biomarkers dựa theo hệ peptidome của tính trạng kháng bệnh khảm lá sắn
Nguồn: Wanwisa Siriwan, Sawanya Charoenlappanit, Narumon Phaonakrop, Siriwan Thaisakun, Sittiruk Roytrakul. 2025. Identification of peptidome-based biomarkers of cassava mosaic disease resistance in different cassava varieties. Sci Rep.; 2025 Apr 12; 15(1):12653. doi: 10.1038/s41598-025-97452-y.
Sắn, loài cây trồng có giá trị kinh tế ở Thái Lan, mang lại giá trị xuất khẩu trên 3 tỉ US đô la năm 2023. Tuy nhiên, sản lượng sắn đã và đang suy giảm kể từ năm 2021 do bệnh khảm virus (CMD) bùng phát, bệnh tác động tiêu cực trên các cánh đồng trồng sắn. Sự nhiễm bệnh CMD gần đây tăng lên nhanh do thiếu hom giống khỏe và giống sắn kháng bệnh, đặc biệt hiếu giống kháng là nguyên nhân chủ yếu để quản lý bệnh lan truyền. Phát triển các phương pháp mới là cần thiết để thúc đẩy việc trồng sắn cao sản kháng được bệnh CMD. Theo nghiên cứu này, những thành phần peptide đặc trưng được xác định thông qua kết quả của máy MALD (matrix-assisted laser desorption) / quang khối phổ theo thời gian ion hóa (MALDI-TOF MS) và LC-MS/MS (liquid chromatography) để sàng lọc giống sắn kháng được CMD. Kết quả phân tích PMF (peptide mass fingerprint) cho thấy mã vạch trên cơ sở peptide khác nhau trong 11 giống sắn thử nghiệm, phân định rõ ràng kiểu hình kháng bệnh CMD và chống chịu bệnh CMD. Kết quả phân tích LC-MS/MS và OPLS-DA (orthogonal partial least squares-discriminant analysis) minh chứng được những khác biệt rất rõ giữa các phổ biể hiện peptide của từng kiểu hình khác nhau. Phổ biểu hiện heatmap và kết quả phân tích PMF cho thấy các hợp phần hết sức độc đáo của peptide trong các giống sắn. Kết quả phân tích VPA (volcano plot analysis) xác định được 7 peptides được điều tiết theo kiểu “up” là TATTVAGS, PAAGGGGG, PNELLSYSE, SSIEEGGS, GGGVGGPL, NNGGGFSV, và GPGPAPAA trong cây sắn kháng bệnh CMD. Những peptides này gắn liền với những proteins có mô típ CONSTANS-like zinc finger, C2H2-type, GST N-terminal, Tubby-like F-box, nuclear-localized AT-hook motif, auxin response factor, và những domains C2. Như vậy, kết quả nghiên cứu xác định được những biomarkers trên cơ sở peptidome dùng để thanh lọc giống sắn kháng bệnh CMD; tuy nhiên, người ta cần phải minh chứng sâu hơn trên cơ sở số mẫu lớn hơn.
Không có nhận xét nào:
Đăng nhận xét