So sánh ở quy mô toàn bộ hệ gen cho thấy các biến thể kiến trúc của giống sắn bản địa
Nguồn: Michael Landi, Anna Vittoria Carluccio, Trushar Shah, Adnan Niazi, Livia Stavolone, Laurent Falquet, Andreas Gisel, Erik Bongcam-Rudloff. 2025. Genome-wide comparison reveals large structural variants in cassava landraces. BMC Genomics; 2025 Apr 10; 26(1):362. doi: 10.1186/s12864-025-11523-y.
Những biến thể di truyền có tính chất kiến trúc (SVs: structural variants) rất cần thiết cho kết quả đa dạng hệ gen thực vật và các biến thiên kiểu hình. Các tác giả tiến hành nghiên cứu trên đoạn phân tử lớn có kích thức: 9.7 Mbp đoạn lập lại rất cao trên nhiễm sắc thể 12 của MEB117, một vùng đích chưa được định tính trước đây của hệ gen cây sắn (Manihot esculenta Crantz). Mục tiêu nghiên cứu nhằm khai thác sự có mặt và sự biến dị di truyền trong tập đòa giống sắn bản địa, cung cấp những kiến thức mới về genome học cây sắn và khả năng ứng dụng thực tiễn.
Người ta minh chứng được sự có mặt của đoạn phân tử 9.7 Mbp trong hệ gen sắn TMEB117, khác biệt với những kết quả nghiên cứu hệ gen trước đó. Thông qua dữ liệu của “mapping short-read sequencing” lấy từ 16 giống sắn bản địa so với nhiễm sắc thể 12 của giống sắn TMEB117, người ta thấy rằng biến dị di truyền có trong kết quả “read mapping”, cho thấy rằng: khi tất cả giống sắn có mang một chèn đoạn trong vùng, thì có một vài biểu hiện mất các đoạn phân tử ấy hoặc cho kết quả trình tự khác biệt. Phân tích sâu cho thấy có hai gen độc nhất gắn với chức năng hoạt tính của men “deacetylase”, đó là HDA14 và SRT2, trong vùng chèn đoạn này. Hơn nữa, nguyên tố chuyển vị MUDR-Mutator (transposable element) biểu hiện sự có mặt rết mạnh trong vùng này.
Nghiên cứu này xác định một biến thể lớn về cấu trúc trong hệ gen giống sắn TMEB117, phác họa tính biến thiên di truyền của nó trong những giống sắn khác nhau. Sự phong phú của gen HDA14 và SRT2 và nguyên tố chuyển vị MUDR-Mutator trong chèn đoạn ấy gợi ra rằng nó có chức năng di truyền có ý nghĩa, cho dù nghiên cứu sâu còn phải tiếp tục để khai thác nó. Kết quả cung cấp kiến thức quan trọng về vai trò của biến dị di truyền về cấu trúc liên nquan đến đa dạng có tính chất genome học của cây sắn.
Không có nhận xét nào:
Đăng nhận xét