Phân tích GWAS và biểu hiện gen của họ gen “Mediator Complex Subunit” cây sắn

 Phân tích GWAS và biểu hiện gen của họ gen “Mediator Complex Subunit” cây sắn

Nguồn: Lingling Zhou, Shuhui Sun, Linlong Zhu, Xian Chen, Ran Xu, Lian Wu, Shuang Gu. 2025. enome-Wide Identification and Expression Analysis of the Mediator Complex Subunit Gene Family in Cassava. Int J Mol Sci.; 2025 Feb 15; 26(4):1666. doi: 10.3390/ijms26041666. 

Chức năng của MED (mediator complex) đóng vai trò co-activator của thực vật, truyền đi tín hiệu phiên mã để điều tiết sự biểu hiện gen, bao gồm các phản ứng với stress do ngoại cảnh. Trong khi họ gen MED đã được phân lập rồi trong nhiều loài thực vật, nhưng nó vẫn chưa được báo cáo trong cây sắn. Theo đây, người ta xác định được 32 thành viên của họ gen MeMED cây sắn (Manihot esculenta Crantz) phân bố trên 13 nhiễm sắc thể. Những gen này được sắp xếp thành “Mediator subunits” riêng biệt dựa theo sự tương đồng theo “Arabidopsis modules”. Phân tích promoter cho thấy có sự hiện diện của nhiều nguyên tố khác nhau của cis-regulatory, có khả năng đóng vai trò quan trọng trong điều tiết tăng trưởng và phát triển của cây, phản ứng với stress. Cơ sở dữ liệu  RNA-seq cho thấy từng thành phần biểu hiện tại mô đặc biệt của các gen MeMED, với biểu hiện đáng kể ghi nhận trên lá, rễ, cuống lá, thân, mô sẹ của phôi dễ vỡ, và sinh mô tận ngọn. Phân tích RT-qPCR chuyên sâu đối với nhiều stress phi sinh học bao gồm khô hạn, hydrogen peroxide ngoại sinh, nhiệt độ lạnh, nóng, và mặn cho thấy có 10 gen chọn lọc MeMED biểu hiện có ý nghĩa theo kiểu “differential expression”, cho thấy chức năng của chúng giúp cây thích nghi với stress. Kết quả cho chúng ta kiến thức về vai trò sinh học của họ gen MeMED trong cây sắn, có ý nghĩa trong việc cải tiến tính chống chịu stress của giống sắn cao sản trong tương lai.

Xem https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40004128/

Hình: Phân bố các gen trong họ gen MeMED của cây sắn.