Hệ thống lắp ráp “BAC-guided haplotype” làm tăng hiệu quả gen kháng virus gây bệnh CMD2 của cây sắn
Nguồn: Luc Cornet, Syed Shan-E-Ali Zaidi, Jia Li, Yvan Ngapout, Sara Shakir, Loic Meunier, Caroline Callot, William Marande, Marc Hanikenne, Stephane Rombauts, Yves Van de Peer, Hervé Vanderschuren. 2025. A BAC-guided haplotype assembly pipeline increases the resolution of the virus resistance locus CMD2 in cassava. Genome Biol.; 2025 Jun 29; 26(1):185. doi: 10.1186/s13059-025-03620-8.
Sắn là loài cây trồng quan trọng về an ninh lương thực của vùng nhiệt đới nơi mà sản lượng sắn bị đe dọa bởi nhiều bệnh siêu vi gây ra, bao gồm CMD (cassava mosaic disease: bệnh khảm sắn); bệnh đặc hữu của vùng Sub-Sahara, châu Phi và tiểu lục địa Ấn Độ. Tính kháng bệnh CMD liên kết với gen trội đơn, có tên là CMD2. Hệ gen cây sắn có nhiều vùng lập lại làm nên sự lắp ráp chính xác của một thách thức của hệ gen có tính chất tham chiếu. Trong nghiên cứu này, người ta tạo ra được những thư viện BAC (BAC libraries) của giống sắn nhiễm bệnh CMD – giống 60444 và giống s8qa1n kháng bệnh CMD – giống bản địa TME3. Sau đó, người ta xác định và chạy trình tự BACs thuộc về vùng mang gen CMD2 trong cả hai giống trên, thông qua phương pháp “high-accuracy long-read PacBio circular consensus sequencing (ccs) reads”. Kế đến chạy trình tự và ráp nối thành genome hoàn chỉnh của giống 60444 và giống TME3 thông qua phương pháp kết hợp “ONT ultra-long reads” và “optical mapping”. Neo giữ những phần lắp ráp như vậy trên bản đồ di truyền cây sắn ghi nhận được những sai biệt của kết quả, cũng như trong quan sát trước đây, vùng mang gen CMD2 của hệ gen giống 60444 và giống TME3. Tiếp cận phương pháp BAC-guided để đánh giá những lắp ráp hệ gen cây sắn cải tiến đáng kể kết quả synteny (di truyền đồng dạng) giữavùng mang gen CMD2 được lắp ráp của giống sắn 60444 và giống TME3; xây dựng bản đồ di truyền CMD2. Tác giả đã hoàn thiện chú thích di truyền gen có tính chất repeat-unmasked (lập lại không che dấu) của những lắp ráp CMD2 và xác định được 81 protein có chức năng kháng stress trong vùng CMD2 này, nơi mà 31 protein chưa được báo cáo trước đây trên tạp chí khoa học về trình tự CMD2. Như vậy, phương pháp đánh giá BAC đã cải tiến được mức độ chính xác của vùng mang gen CMD2 và cho thấycó những trình tự mới liên kết với tính kháng virus, nâng cao hiểu biết của chúng ta về tính kháng bệnh khảm lá sắn.
Không có nhận xét nào:
Đăng nhận xét