Lưu trữ Blog

CÂY SẮN VIỆT NAM

Thứ Năm, 16 tháng 10, 2025

Nghiên cứu quy trình nhân in vitro cây sắn ruột vàng phú thọ

 Nghiên cứu quy trình nhân in vitro cây sắn ruột vàng phú thọ

Lê Thị Thanh, Phạm Thị Hiệp, Tống Thị Huyền, Lê Thị Thu Trang, Nguyễn Phương Nga, Tăng Thị Diệp, VũThị Phương, Đỗ Thị Thanh Thanh, Nguyễn Thị Nga, Hoàng Minh Chính, Phạm Thị Thu Hà, Nguyễn Thị Thu Phương, Phạm Thiên Thành

DOWNLOAD

Tóm tắt

Trong nghiên cứu này, sự hình thành phôi soma và sự tái sinh của cây sắn ruột vàng Phú Thọ từ đỉnh chồi và mảnh lá non lấy từ cây trồng in vitro đã được kiểm tra. Các thử nghiệm cho thấy, khử trùng mẫu bằng NaOCl 3% trong 15 phút, lặp lại hai lần cho tỷ lệ mẫu sạch cao (77,8%) và tỷ lệ mẫu chết thấp (24,3%). Môi trường phát sinh mô sẹo tốt nhất là MS nền có bổ sung 10 mg/L 2,4-D cho tỷ lệ hình thành mô sẹo cao đạt 79,4% với nuôi cấy mảnh lá và 81,8% với nuôi cấy chồi đỉnh. Môi trường tạo chồi tốt nhất là MS nền có bổ sung 0,2 mg/L BAP cho tỷ lệ hình thành cây con từ tế bào soma mảnh lá là 49% và tế bào soma chồi đỉnh là 51,7%. Sau 3 tuần nuôi cấy, chồi đạt 4 - 5 cm. Để nhân nhanh, mỗi chồi được cắt thành từng đốt và cấy trên môi trường tái sinh cây. Hệ số nhân chồi từ một chồi ban đầu sau 12 tháng có thể nhân được 76.527.504 cây in vitro. Môi trường tái sinh cây hoàn chỉnh là MS nền có bổ sung 0,25 mg/L NAA và 0,4 g/L than hoạt tính cho tỷ lệ ra rễ đạt 100%. Cây sắn in vitro thích nghi tốt với giá thể 60% đất phù sa + 40% trấu hun. Cây con có tỷ lệ sống 100%, số lá trung bình đạt 7,3 lá và chiều cao cây đạt 10,2 cm sau hai tuần ươm cây. Quy trình nhân in vitro có hệ số nhân cao, cây con sinh trưởng tốt, có khả năng ứng dụng phục vụ sản xuất cây sắn ruột vàng Phú Thọ quy mô công nghiệp

Bằng chứng tiến hóa của xói mòn quỹ gen quy định tính dục của cây sắn (Manihot esculenta)

 Bằng chứng tiến hóa của xói mòn quỹ gen quy định tính dục của cây sắn (Manihot esculenta)

Nguồn: Evan M LongMichelle C StitzerBrandon MonierAimee J SchulzMaria Cinta RomayKelly R RobbinsEdward S Buckler . 2025. Evolutionary signatures of the erosion of sexual reproduction genes in domesticated cassava (Manihot esculenta). G3 (Bethesda); 2025 Feb 5; 15(2):jkae282.doi: 10.1093/g3journal/jkae282

Hàng thế kỷ người ta phát triển nhân giống sắn (Manihot esculenta) vô tính đã và đang làm giảm khả năng tái tổ hợp giới tính, dẫn đến tích lũy nhiều đột biến có hại. Đây là kết quả suy thoái giống cận giao ảnh hưởng đến năng suất và làm giảm đáng kể hiệu suất sinh sản, tạo ra rào cản đối với chương trình cải tiến giống hiện đại. Sắn thuộc họ Euphorbiaceae, bao gồm những loài cây trồng như cao su (Hevea brasiliensis) và cây trạng nguyên (Euphorbia pulcherrima).

Mở rộng dựa trên bản thảo hệ gen, người ta chú thích di truyền (annotated) 7 assemblies của hệ gen được đọc với trình tự dài so sánh với trình tự của 52 genomes, để phân tích kết quả chọn lọc xuyên qua genome này và di truyền huyết thống cây sắn. Thông qua phương pháp “comparative genomic”, người ta xác định được 48 gen dưới sự chọn lọc thoải mái giống sắn. Đáng chú ý, người ta phát hiện đưọc một  siêu đại diện của những gen  biểu hiện khi trổ bông, đặc biệt tập trung tại 6 gen có liên quan đến hạt phấn. Kết quả cho thấy sự thuần hóa giống sắn và một sự chuyển sang nhân giống vô tính đã và đang làm giảm áp lực chọn lọc về chức năng có tính chất tính dục của cây sắn dẫn đến  tích tụ nhiều dạng đột biến của gen liên quan đến hạt phấn. Điều này làm cho chọn lọc không còn áp lực và những đột biến có hại trong hệ gen chịu trách nhiệm trong suy thoái bởi cận giao là những mục tiêu chủ đích trong cải tiến giống sắn, ở đó, thế hệ của những giống sắn mới dựa vào sự tái tổ hợp các alen có lợi thông qua lai hữu tính.

Xem  https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39673428/

SEGS-1 episomes được tạo ra khi cây sắn bị khảm làm cho bệnh trầm trọng hơn

 SEGS-1 episomes được tạo ra khi cây sắn bị khảm làm cho bệnh trầm trọng hơn

Nguồn: Evangelista ChiungaCatherine D AimoneCyprian RajabuMary M DallasJoseph NdunguruJosé T Ascencio-IbáñezElijah M AtekaLinda Hanley-Bowdoin. 2025 SEGS-1 episomes generated during cassava mosaic disease enhance disease severity. Front Plant Sci.; 2025 Jan 10: 15:1469045. doi: 10.3389/fpls.2024.1469045.

Sắn là cây trồng cho củ quan trọng được trồng bởi nông hộ nhỏ ở vùng cận sa mạc Sahara, châu Phi.

Bệnh khảm lá sắn CMD (Cassava mosaic disease), do một nhóm siêu vi có tên là CMB (cassava mosaic begomoviruses), đây là một trong những bệnh hại sắn gây thiệt hại lớn nhất. Nghiên cứu trước đây chỉ ra rằng SEGS-1 (sequences làm tăng triệu chứng geminivirus), xảy ra cả trên hệ gen cây sắn và trên episomes của nó trong suốt giai đoạn CMD diễn ra, có thể làm tăng bệnh CMD nặng hơn và vượt qua sự kháng cự của cây chủ. Theo nghiên cứu, người ta xem xét ảnh hưởng của áp dụng SEGS-1 ngoại sinh về tỷ lệ nhiễm bệnh CMD, triệu chứng trầm trọng, và số sao chép DNA của virus trong 5 giống sắn thí nghiệm cho kết quả nhiễm bệnh từ nhẹ đến nặng . Nghiên cứu này cho thấy ảnh hưởng của SEGS-1 tùy vào từng giống khác nhau. Giống nhiễm phát triển CMD nặng hơn có hoặc không có SEGS-1 ngoại sinh, trong khi đó, SEGS-1 điều khiển bởi một locus, nhưng không kháng được  CMD1, tính kháng này đa gen quy định. Phân tích cây nhiễm bệnh khi vắng mặt SEGS-1 ngoại sinh cho thấy rằng một vài không phải tất cả giống sắn hình thành nên hệ SEGS-1 episomes khi bị bệnh CMD. Sự có mặt của SEGS-1 episomes nội sinh trong TME14, một giống s8a1n kháng CMD2, tương quan với mức trầm trọng của bệnh CMD. Trái lại, TME3, một giống sắn liên quan gần với CMD2, không hình thành ra SEGS-1 episomes nội sinh và kháng mạnh hơn TME14. Khả năng khác biệt của TME3 và TME14 để hình thành nên SEGS-1 episomes không giống nhau vì khác chuỗi trình tự DNA bên trong và xung quanh loci SEGS-1. Vùng có chức năng của SEGS-1 được định vị trên bản đồ di truyền sử dụng  TME3 tới trình tự hai bên cạnh của “episome junction”, nhưng tự bản thân junction này không cần hoạt động. Tất cả giống sắn có trinh tự SEGS-1 trong genomes của chúng đều có khả năng gây tác động tiêu cực đến sự phát triển của tính kháng CMD trong chương trình cải tiến giống sắn.

Xem https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39911651/

Tích hợp kết quả phân tích transcriptomics và metabolomics cung cấp những kiến thức mới về phản ứng với sự thiếu nitrogen của cây sắn

Tích hợp kết quả phân tích transcriptomicsmetabolomics cung cấp những kiến thức mới về phản ứng với sự thiếu nitrogen của cây sắn

Nguồn: Yu WangJing ChuHaoyang ZhangHao JuQing XieXingyu Jiang. 2025. Integrated transcriptomics and metabolomics analyses provide new insights into cassava in response to nitrogen deficiency. Front Plant Sci.; 2025 Jan 14: 15:1488281. doi: 10.3389/fpls.2024.1488281.

Sự thiếu nitrogen là trở ngại rất lớn đến năng suất cây trồng. Sắn là loài cây trồng cung cấp lương thực lớn thứ sáu trên thế giới, và là nguồn thức ăn gia súc quan trọng cũng như nguồn năng lượng trong công nghiệp. Sắn có thể phát triển mạnh ở đất mấp mé lượng N, tuy nhiên năng suất vẫn bị ảnh hưởng đáng kể bởi sự hạn chế của nitrogen khả dụng. Nghiên cứu cơ chế phản ứng của cây sắn đối với sự thiếu hụt nghiêm trọng nitrogen, do đó, rất cần để thúc đẩy chương trình cải tiến giống phân tử và xác định được giống sắn có khả năng hấp thu hiệu quả. Nghiên cứu đã tiến hành phân tích toàn diện của những phản ứng sinh lý cây sắn non, biểu hiện gen đích, và phản ứng của cơ chất biến dưỡng (metabolite) trong điều kiện thiếu nitrogen. Kết quả cho thấy sự thiếu hụt N làm suy giảm vận chuyển nitrate và ammonium đến các cơ quan trên mặt đất, dẫn đến một gia tăng đáng kể carbohydrate, ROS (reactive oxygen species), và các mức độ “ammonium ion” trên lá sắn. Phân tích transcriptomic và metabolomic chỉ ra rằng có những thay đổi đáng chú ý về gen và cơ chất biến dưỡng gắn với  biến dưỡng carbon và nitrogen, sinh tổng hợp flavonoid, chu trình biến dưỡng purine. Hơn nữa, nhiều yếu tố phiên mã (TFs) gắn kết với sinh tổng hợp flavonoid của sắn khi cây bị thiếu hụt nitrogen. Nghiên cứu này thu được những kiến thức mới và cung cấp nguồn vật liệu di truyền đáng giá làm sáng tỏ cơ chế thích nghi của cây sắn với tình trạng thiếu nitrogen.

Xem https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39877744/

So sánh ở quy mô toàn bộ hệ gen cho thấy các biến thể kiến trúc của giống sắn bản địa

 So sánh ở quy mô toàn bộ hệ gen cho thấy các biến thể kiến trúc của giống sắn bản địa

Nguồn: Michael LandiAnna Vittoria CarluccioTrushar ShahAdnan NiaziLivia StavoloneLaurent FalquetAndreas GiselErik Bongcam-Rudloff. 2025. Genome-wide comparison reveals large structural variants in cassava landraces. BMC Genomics; 2025 Apr 10; 26(1):362. doi: 10.1186/s12864-025-11523-y. 

Những biến thể di truyền có tính chất kiến trúc (SVs: structural variants) rất cần thiết cho kết quả đa dạng hệ gen thực vật và các biến thiên kiểu hình. Các tác giả tiến hành nghiên cứu trên đoạn phân tử lớn có kích thức: 9.7 Mbp đoạn lập lại rất cao trên nhiễm sắc thể 12 của MEB117, một vùng đích  chưa được định tính trước đây của hệ gen cây sắn (Manihot esculenta Crantz). Mục tiêu nghiên cứu nhằm khai thác sự có mặt và sự biến dị di truyền trong tập đòa giống sắn bản địa, cung cấp những kiến thức mới về genome học cây sắn và khả năng ứng dụng thực tiễn.

Người ta minh chứng được sự có mặt của đoạn phân tử 9.7 Mbp trong hệ gen sắn TMEB117, khác biệt với những kết quả nghiên cứu hệ gen trước đó. Thông qua dữ liệu của “mapping short-read sequencing” lấy từ 16 giống sắn bản địa so với nhiễm sắc thể 12 của giống sắn TMEB117, người ta thấy rằng biến dị di truyền có trong kết quả “read mapping”, cho thấy rằng: khi tất cả giống sắn có mang một chèn đoạn trong vùng, thì có một vài biểu hiện mất các đoạn phân tử ấy hoặc cho kết quả trình tự khác biệt. Phân tích sâu cho thấy có hai gen độc nhất gắn với chức năng hoạt tính của men “deacetylase”, đó là HDA14  SRT2, trong vùng chèn đoạn này. Hơn nữa, nguyên tố chuyển vị MUDR-Mutator (transposable element) biểu hiện sự có mặt rết mạnh trong vùng này.

Nghiên cứu này xác định một biến thể lớn về cấu trúc trong hệ gen giống sắn TMEB117, phác họa tính biến thiên di truyền của nó trong những giống sắn khác nhau. Sự phong phú của gen HDA14  SRT2 và nguyên tố chuyển vị MUDR-Mutator trong chèn đoạn ấy gợi ra rằng nó có chức năng di truyền có ý nghĩa, cho dù nghiên cứu sâu còn phải tiếp tục để khai thác nó. Kết quả cung cấp kiến thức quan trọng về vai trò của biến dị di truyền về cấu trúc liên nquan đến đa dạng có tính chất genome học của cây sắn.

Xem https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40211122/

Phân tích GWAS và biểu hiện gen của họ gen “Mediator Complex Subunit” cây sắn

 Phân tích GWAS và biểu hiện gen của họ gen “Mediator Complex Subunit” cây sắn

Nguồn: Lingling ZhouShuhui SunLinlong ZhuXian ChenRan XuLian WuShuang Gu. 2025. enome-Wide Identification and Expression Analysis of the Mediator Complex Subunit Gene Family in Cassava. Int J Mol Sci.; 2025 Feb 15; 26(4):1666. doi: 10.3390/ijms26041666. 

Chức năng của MED (mediator complex) đóng vai trò co-activator của thực vật, truyền đi tín hiệu phiên mã để điều tiết sự biểu hiện gen, bao gồm các phản ứng với stress do ngoại cảnh. Trong khi họ gen MED đã được phân lập rồi trong nhiều loài thực vật, nhưng nó vẫn chưa được báo cáo trong cây sắn. Theo đây, người ta xác định được 32 thành viên của họ gen MeMED cây sắn (Manihot esculenta Crantz) phân bố trên 13 nhiễm sắc thể. Những gen này được sắp xếp thành “Mediator subunits” riêng biệt dựa theo sự tương đồng theo “Arabidopsis modules”. Phân tích promoter cho thấy có sự hiện diện của nhiều nguyên tố khác nhau của cis-regulatory, có khả năng đóng vai trò quan trọng trong điều tiết tăng trưởng và phát triển của cây, phản ứng với stress. Cơ sở dữ liệu  RNA-seq cho thấy từng thành phần biểu hiện tại mô đặc biệt của các gen MeMED, với biểu hiện đáng kể ghi nhận trên lá, rễ, cuống lá, thân, mô sẹ của phôi dễ vỡ, và sinh mô tận ngọn. Phân tích RT-qPCR chuyên sâu đối với nhiều stress phi sinh học bao gồm khô hạn, hydrogen peroxide ngoại sinh, nhiệt độ lạnh, nóng, và mặn cho thấy có 10 gen chọn lọc MeMED biểu hiện có ý nghĩa theo kiểu “differential expression”, cho thấy chức năng của chúng giúp cây thích nghi với stress. Kết quả cho chúng ta kiến thức về vai trò sinh học của họ gen MeMED trong cây sắn, có ý nghĩa trong việc cải tiến tính chống chịu stress của giống sắn cao sản trong tương lai.

Xem https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40004128/

Hình: Phân bố các gen trong họ gen MeMED của cây sắn.

Xác định họ gen NADP-ME của cây sắn - phản ứng và điều tiết quang hợp

 Xác định họ gen NADP-ME của cây sắn - phản ứng và điều tiết quang hợp

Nguồn: Haozheng LiJin XiaoJiahui ChenXu ShenJia LuoFengguang GuoShangfei WangLiangye XuXin GuoShujuan WangHaiyan WangWenquan Wang. 2025. Identification of the cassava NADP-ME gene family and its response and regulation in photosynthesis. Front Plant Sci.; 2025 Feb 27:16:1525193. doi: 10.3389/fpls.2025.1525193.

NADP-malic enzyme (NADP-ME) là mộ enzyme cần thiết trong quang hợp chu kỳ C4, đáp ứng với phản carboxyl hóa của malate trong bó tế bào ở bẹ lá, tăng cường hiệu quả quang hợp cây C4. Giống sắn trồng biểu hiện hiệu quả quang hợp cao và cho sinh khối lớn. Những nghiên cứu trước đây phân loại nó là dạng trung gian giữa C3-C4. Sinh khối của cây sắn tương quan thuận với hiệu suất quang hợp. Vùng promoter của gen MeNADP-ME3 có chèn đoạn được mang tính chọn lọc trong các giống sắn khác với tổ tiên hoang dại của chúng. Bốn gen MeNADP-ME được phân lập trong giống sắn AM560, với các vùng promoter rất giàu những nguyên tố phản ứng yếu. Phân tích domain bảo thủ và có tính chất di truyền huyết thống cho thấy tất cả subtypes là những loại hình của song tử diệp có tính chất mềm dẽo, liên quan rất gần với gen AtNADP-ME4, với N-terminal domains độc nhất của MeNADP-ME2 và MeNADP-ME3 chuyên biệt cho cây sắn mà thôi, như vậy đó là những chức năng mới. Định vị trong tế bào cho thấy chúng ưu tiên có trong chloroplast, tham gia lớn hơn trong các tiến trình sinh lý của lá  của giống sắn SC205. Kết quả cho thấy họ NADP-ME của giống sắn trồng trọt đã và đang tiến hóa theo kiểu chọn lọc mô hình quang hợp. Nghiên cứu sâu cho thấy gen MeNADP-ME3 biểu hiện mạnh mẽ trên lá sắn và được điều tiết bởi cường độ ánh sáng. Phân tích theo phương pháp “co-expression network” của hệ transcriptomes trong điều kiện trồng sắn che sáng và dự đoán các promoter của gen mã hóa TF  cho thấy các vị trí Indel của promoter trong gen MeNADP-ME3 được gắn kết chặt với MeYABBY1, hình thành nên  một hệ thống điều tiết với các gen quang hợp khác nữa. Như vậy MeNADP-ME3 có vai trò của quang hợp trung gian giữa cây C3-C4 trong khi tiến hóa từ loài sắn hoang dại sang loài sắn trông trọt, với những gen khác của họ gen cũng có chức năng quang tổng hợp. Nghiên cứu của chúng tôi đặt nền tảng cho nghiên cứu chức năng tương lai của họ gen MeNADP-ME và cung cấp quan điểm khoa học về cơ chế tăng cường hiệu quả quang hợp của giống sắn trồng trọt.

Xem https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40084111/

Định vị trong nhiễm sắc thể và nguyên tố cis-acting ở cận trên của họ genNADP-ME của cây sắn. Hướng xem xét 5’-3’ trong trình tự của promoter. Hộp đỏ biểu thị nguyên tố cis có liên quan đến quang hợp.

Thứ Ba, 14 tháng 10, 2025

Xác định biomarkers dựa theo hệ peptidome của tính trạng kháng bệnh khảm lá sắn

 Xác định biomarkers dựa theo hệ peptidome của tính trạng kháng bệnh khảm lá sắn

Nguồn: Wanwisa SiriwanSawanya CharoenlappanitNarumon PhaonakropSiriwan ThaisakunSittiruk Roytrakul. 2025. Identification of peptidome-based biomarkers of cassava mosaic disease resistance in different cassava varieties. Sci Rep.; 2025 Apr 12; 15(1):12653. doi: 10.1038/s41598-025-97452-y.

Sắn, loài cây trồng có giá trị kinh tế ở Thái Lan, mang lại giá trị xuất khẩu trên 3 tỉ US đô la năm 2023. Tuy nhiên, sản lượng sắn đã và đang suy giảm kể từ năm 2021 do bệnh khảm virus (CMD) bùng phát, bệnh tác động tiêu cực trên các cánh đồng trồng sắn. Sự nhiễm bệnh CMD gần đây tăng lên nhanh do thiếu hom giống khỏe và giống sắn kháng bệnh, đặc biệt hiếu giống kháng là nguyên nhân chủ yếu để quản lý bệnh lan truyền. Phát triển các phương pháp mới là cần thiết để thúc đẩy  việc trồng sắn cao sản kháng được bệnh CMD. Theo nghiên cứu này, những thành phần peptide đặc trưng được xác định thông qua kết quả của máy MALD (matrix-assisted laser desorption) / quang khối phổ theo thời gian ion hóa (MALDI-TOF MS) và LC-MS/MS (liquid chromatography) để sàng lọc giống sắn kháng được CMD. Kết quả phân tích PMF (peptide mass fingerprint) cho thấy mã vạch trên cơ sở peptide khác nhau trong 11 giống sắn thử nghiệm, phân định rõ ràng kiểu hình kháng bệnh CMD và chống chịu bệnh CMD. Kết quả phân tích LC-MS/MS và OPLS-DA (orthogonal partial least squares-discriminant analysis) minh chứng được những khác biệt rất rõ giữa các phổ biể hiện peptide của từng kiểu hình khác nhau. Phổ biểu hiện heatmap và kết quả phân tích PMF cho thấy các hợp phần hết sức độc đáo của peptide trong các giống sắn. Kết quả phân tích VPA (volcano plot analysis) xác định được 7 peptides được điều tiết theo kiểu “up” là TATTVAGS, PAAGGGGG, PNELLSYSE, SSIEEGGS, GGGVGGPL, NNGGGFSV, và GPGPAPAA trong cây sắn kháng bệnh CMD. Những peptides này gắn liền với những proteins có mô típ CONSTANS-like zinc finger, C2H2-type, GST N-terminal, Tubby-like F-box, nuclear-localized AT-hook motif, auxin response factor, và những domains C2. Như vậy, kết quả nghiên cứu xác định được những biomarkers trên cơ sở peptidome dùng để thanh lọc giống sắn kháng bệnh CMD; tuy nhiên, người ta cần phải minh chứng sâu hơn trên cơ sở số mẫu lớn hơn.

Xem  https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40221509/

Thứ Hai, 13 tháng 10, 2025

Bản đồ di truyền và minh chứng QTL điều khiển tính kháng ruồi phấn trắng của cây sắn (Manihot esculenta Crantz)

 Bản đồ di truyềnminh chứng QTL điều khiển tính kháng ruồi phấn trắng của cây sắn (Manihot esculenta Crantz)

Adriana Bohorquez-Chaux, Luis Augusto Becerra Lopez-Lavalle, Vianey Barrera-Enriquez, María Isabel Gómez-Jiménez, Camilo E. Sanchez-Sarria, Luis Fernando Delgado, Xiaofei Zhang & Winnie Gimode. 2025. Genetic mapping and validation of QTL for whitefly resistance in cassava (Manihot esculenta Crantz). Theoretical and Applied Genetics; June 24 2025; vol.138; article 160

QTL điều khiển tính kháng bọ phấn trắng được phân lập trong quần thể con lai F2 của cây sắn và những chỉ thị phân tử KASP được ứng dụng để minh chứng kết quả tính kháng này.

Ruồi (bọ) phấn trắng (whitefly) là mối đe dọa lớn trong dịch hại chính cho sản xuất sắn trên toàn cầu đặc biệt vùng nhiệt đới bởi thiết hại vừa trực tiếp, vừa gián tiếp do bọ phấn trắng mang nguồn virus gây bệnh. 

Aleurotrachelus socialis whitefly là một trong những loài côn trùng gây dịch hại sắn ở Nam Mỹ. Phát triển giống kháng là chiến lược quản lý dịch hại hiệu quả nhất. Nghiên cứu nhằm mục tiêu lập bản đồ di truyền QTL điều khien tính kháng bọ phấn trắn A. socialis và phát triển những chỉ thị phân tử cần thiết phục vụ chiến lược MAS (chọn giống nhờ marker). Quần thể con lai F2 (N = 183) từ tự thụ phấn (selfing) của F1 dẫn xuất bởi ECU72 (kháng) x COL2246 (nhiễm) giống sắn bản địa. Đánh giá kiểu hình trong nhà kính với phương pháp thanh lọc chuẩn và kết quả phân tích bằng hình ảnh chất lượng cao trên lá sắn bị xâm nhiễm (Nymphstar). Người ta xác định được QTL định vị trên nhiễm sắc thể 1, 2, 5, 6, 8, 9, và 14, với một QTL biểu hiện tính kháng cao và ôn định trên nhiễm sắc thể 8 (MeF2WFly8.1), QTL này giải thích được 35.44% biến thiên kiểu hình. Để tăng hiệu quả chọn lọc, người ta sử dụng chỉ thị phân tử hiệu quả cao KASP; những chỉ thị này được phát triển và được minh chứng nhờ cơ sở si truyền rất đa dạng. Ba chỉ thị SNPs biểu hiện kết hợp cao nhất với tính trạng kháng bọ phấn trắng, chỉ thị Chr08_6483145 là marker hiệu quả nhất cho chọn lọc trên nền tảng di truyền đa dạng. Những markers ấy được cung cấp cho nhà chọn giống nhằm cải thiện hiệu quả chọn lọc tính kháng bọ phấn trắng trong cây sắn toàn cầu.

Xem https://link.springer.com/article/10.1007/s00122-025-04949-1

Bản đồ di truyền của quần thể AM1588 F2, sử dụng 2.017 chỉ thị SNP. Thanh nằm ngang của mỗi nhiễm sắc thể biểu thị những SNPs được mapped, và thước đo bên trái cho biết chiều dài trong nhiễm sắc thể tính bằng cM. Thanh ở cuối hình có gradient màu biểu thị mật độ “intra-locus”, khoảng cách giữa những markers

Đột phá trong Chẩn đoán Bệnh sắn: Mô hình AI hỗn hợp đạt độ chính xác vượt trội

 Đột phá trong Chẩn đoán Bệnh sắn: Mô hình AI hỗn hợp đạt độ chính xác vượt trội

Nguyễn Ngọc Hùng theo Nature.

Các nhà khoa học vừa công bố một nghiên cứu đột phá, phát triển thành công một mô hình học sâu hỗn hợp (hybrid deep learning model) có khả năng tự động phát hiện và phân loại các bệnh phổ biến trên lá sắn với độ chính xác lên đến 89.94%. Thành tựu này không chỉ khắc phục những hạn chế của phương pháp chẩn đoán truyền thống mà còn mở ra tiềm năng to lớn trong việc xây dựng các hệ thống giám sát bệnh cây tự động, giúp bảo vệ năng suất và an ninh lương thực cho hàng trăm triệu người phụ thuộc vào cây sắn.

Thử nghiệm mô hình AI chẩn đoán các bệnh hại cây sắn.

Thách thức trong việc chẩn đoán bệnh hại cho cây sắn

Sắn (Manihot esculenta Crantz), còn được gọi là khoai mì, là nguồn cung cấp carbohydrate lớn thứ ba trên thế giới, đảm bảo dinh dưỡng cho hơn 500 triệu người. Không chỉ đóng vai trò quan trọng trong an ninh lương thực, sắn còn là nguồn tinh bột chi phí thấp cho nhiều ngành công nghiệp, với sản lượng toàn cầu đạt gần 325 triệu tấn vào năm 2021.

Tuy nhiên, ngành sản xuất sắn đang đối mặt với mối đe dọa nghiêm trọng từ các dịch bệnh như Bệnh Sọc Nâu Sắn (CBSD), Bệnh Khảm Lá Sắn (CMD), Bệnh Cháy Lá Vi khuẩn (CBB) và Bệnh Đốm Xanh Sắn (CGM). Việc phát hiện và chẩn đoán chính xác các bệnh này qua quan sát bằng mắt thường là một thách thức lớn, ngay cả đối với các chuyên gia nông nghiệp đã qua đào tạo. Các phương pháp truyền thống thường tốn thời gian, dễ sai sót và đòi hỏi kiến thức chuyên môn sâu, dẫn đến những đánh giá sai lầm, gây tổn thất nặng nề về năng suất và tài chính cho người nông dân. Để giải quyết vấn đề này, các phương pháp tiếp cận hiện đại sử dụng công nghệ Trí tuệ nhân tạo (AI), đặc biệt là học máy (ML) và học sâu (DL), đang trở nên phổ biến. Các kỹ thuật AI có khả năng phát hiện bệnh nhanh hơn, chính xác hơn và dễ dàng mở rộng, hứa hẹn sẽ khắc phục các rào cản về nguồn nhân lực và cơ sở hạ tầng, đặc biệt là ở các nước đang phát triển.

Phương pháp nghiên cứu: Xây dựng một hệ thống chẩn đoán thông minh

Nhóm tác giả đã thiết kế một hệ thống tự động toàn diện để phát hiện và phân loại bệnh trên lá sắn. Nghiên cứu này được xây dựng trên một bộ dữ liệu lớn gồm khoảng 36.000 hình ảnh lá sắn, bao gồm lá khỏe mạnh và lá bị nhiễm bốn loại bệnh phổ biến (CBSD, CMD, CGM, CBB). Quy trình nghiên cứu được thực hiện qua các bước như sau:

Tiền xử lý hình ảnh: Để nâng cao chất lượng và giảm độ phức tạp tính toán, tất cả hình ảnh màu (RGB) được chuyển đổi sang ảnh xám. Sau đó, nhiễu trong ảnh được loại bỏ bằng bộ lọc Gaussian.

Phân đoạn hình ảnh: Các kỹ thuật tiên tiến như ngưỡ    ng Otsu và watershed được sử dụng để xác định và tách biệt chính xác vùng lá bị bệnh ra khỏi nền ảnh.

Trích xuất đặc trưng: Các đặc điểm quan trọng của vùng bệnh như diện tích, chu vi và các thông số hình thái khác được trích xuất. Đây là những thông tin cốt lõi giúp mô hình phân biệt các loại bệnh khác nhau.

Huấn luyện và đánh giá mô hình: Nhóm nghiên cứu đã sử dụng và so sánh hiệu quả của nhiều kiến trúc học sâu tiên tiến, bao gồm EfficientNet, DenseNet169, Xception, ResNet, Vgg19... Đặc biệt, họ đã đề xuất một mô hình hỗn hợp (DenseNet169 + EfficientNetB0), kết hợp thế mạnh của hai kiến trúc khác nhau. Hiệu suất của các mô hình được đánh giá dựa trên các thước đo khách quan như độ chính xác, độ thu hồi (recall) và điểm F1.

Hình ảnh lá sắn được xử lý trước khi đưa vào huấn luyện mô hình.

Kết quả đột phá: Mô hình hỗn hợp chứng tỏ hiệu suất vượt trội

Sau quá trình huấn luyện và tinh chỉnh, các mô hình đã cho thấy những kết quả rất ấn tượng. Trong giai đoạn thực nghiệm, mô hình hỗn hợp DenseNet169 + EfficientNetB0 đã chứng tỏ hiệu suất vượt trội với độ chính xác phân loại cao nhất, đạt 89,94% và mức nhầm lẫn thấp nhất là 0,23.

Sự thành công của mô hình hỗn hợp nằm ở khả năng kết hợp các ưu điểm của hai kiến trúc riêng lẻ: khả năng tái sử dụng đặc trưng hiệu quả của DenseNet169 và hiệu quả tính toán cao của EfficientNetB0. Sự kết hợp này không chỉ cải thiện độ chính xác mà còn nâng cao khả năng mở rộng của hệ thống. Trong khi đó, mô hình đơn lẻ EfficientNetB0 cũng cho thấy kết quả xuất sắc về độ chính xác (precision), độ thu hồi (recall) và điểm F1, với mỗi chỉ số đều đạt 0,78.

Những kết quả này đã nhấn mạnh tiềm năng to lớn của công nghệ học sâu trong việc xây dựng một mô hình chẩn đoán bệnh sắn chính xác, mạnh mẽ và có khả năng mở rộng.

Ý nghĩa và định hướng tương lai

Nghiên cứu này không chỉ là một thành công về mặt học thuật mà còn đặt nền móng vững chắc cho các hệ thống giám sát bệnh cây tự động trong thực tế. Việc tự động hóa quy trình phát hiện bệnh sẽ cho phép nông dân và các chuyên gia theo dõi sức khỏe cây trồng hiệu quả hơn, phát hiện sớm, can thiệp kịp thời và giảm thiểu tổn thất, góp phần quan trọng vào việc đảm bảo an ninh lương thực và tăng trưởng kinh tế ở các khu vực phụ thuộc vào cây sắn.

Tuy nhiên, các tác giả cũng thẳng thắn nhìn nhận một số thách thức cần được giải quyết trong các nghiên cứu tương lai, bao gồm sự mất cân bằng dữ liệu (một số bệnh ít xuất hiện hơn), sự thay đổi về chất lượng hình ảnh và điều kiện môi trường có thể ảnh hưởng đến khả năng tổng quát hóa của mô hình. Việc tăng cường sự đa dạng của bộ dữ liệu và áp dụng các kỹ thuật tiên tiến để giảm thiểu hiện tượng "quá khớp" (overfitting) sẽ là những ưu tiên hàng đầu.

Trong tương lai, mô hình được đề xuất có thể được điều chỉnh để triển khai theo thời gian thực bằng cách tích hợp hệ thống vào các ứng dụng di động, máy bay không người lái (drone) hoặc các thiết bị IoT. Điều này sẽ cho phép theo dõi và chẩn đoán bệnh ngay tại chỗ, phục vụ cho các hoạt động nông nghiệp quy mô lớn. Bằng cách tận dụng những tiến bộ không ngừng của công nghệ học sâu, nghiên cứu này đã mở đường cho một giải pháp công nghệ cao, có tác động lớn, góp phần giải quyết những thách thức quan trọng trong quản lý nông nghiệp bền vững.

Các nhà khoa học xác định tác nhân của hai bệnh gây hại nghiêm trọng trên cây Sắn

 Các nhà khoa học xác định tác nhân của hai bệnh gây hại nghiêm trọng trên cây Sắn

Nguyễn Ngọc Hùng theo Phys.org

Theo ước tính có khoảng 800 triệu người ở các vùng nhiêt đới phụ thuộc vào cây sắn để làm nguồn thực phẩm và thu nhập. Suốt mấy chục năm trở lại đây, cây sắn đã bị tàn phá nghiêm trọng bởi các bệnh hại lây lan nhanh chóng. Tuy nhiên, mới đây các nhà khoa học đã mang đến tin vui cho các nhà chọn tạo giống và người trồng sắn.

Trong một loạt nghiên cứu được công bố trên tạp chí Scientific Reports và New Disease Reports, các nhà khoa học đã xác định được tác nhân gây bệnh và phát triển các xét nghiệm chẩn đoán đầu tiên cho hai loại bệnh: Bệnh sần da cóc trên sắn (Cassava Frogskin Disease – CFSD) và Bệnh chổi rồng trên sắn (Cassava Witches’ Broom Disease – CWBD). Đây là một cột mốc quan trọng có thể tạo ra cuộc cách mạng trong quản lý bệnh sắn trên khắp Châu Mỹ Latin, vùng Caribe, cũng như ở Đông Nam Á, nơi mà nông dân và các nhà nghiên cứu đã cùng nhau chống lại sự lây lan của các bệnh này trong nhiều thập kỷ.

Các nhà khoa học đạt được những phát hiện này nhờ một cách tiếp cận đa ngành, kết hợp bệnh cây học cổ điển, phân tích metagenomics, tin sinh học và dịch tễ học. Nhóm nghiên cứu do TS. Wilmer Cuellar từ Trung tâm Nông nghiệp Nhiệt đới Quốc tế (Liên minh Biodiversity & CIAT) dẫn đầu, với phạm vi nghiên cứu cây trồng trên toàn cầu.

Theo TS. Cuellar, nhận biết và ngăn chặn tác nhân gây bệnh sớm rất quan trọng: “Nghiên cứu phòng ngừa trong Chương trình Sắn của Liên minh Biodiversity & CIAT là chìa khóa để giảm thiểu tác động tiêu cực của những bệnh này tại các khu vực mà chúng chưa xuất hiện, chẳng hạn như Châu Phi cận Sahara”.

Các phát hiện của nhóm nghiên cứu tập trung vào xác định tác nhân gây bệnh của 2 loại bệnh hại chính:

Bệnh sần da cóc trên sắn (CFSD), gây thất thu nghiêm trọng ở khắp Châu Mỹ, là một bệnh do virus có liên quan đến torradovirus chưa từng được xác định trước đây.

Bệnh chổi rồng trên sắn (CWBD), một bệnh hại làm giảm năng suất có nguồn gốc ở Đông Nam Á, đã vượt qua Thái Bình Dương và được phát hiện tại French Guiana và Brazil. Đây là bệnh do nấm, liên quan đến Ceratobasidium theobromae.

Nhờ kết quả nghiên cứu này, các chuyên gia cây trồng và các cơ quan quốc gia hiện đang triển khai các xét nghiệm để chứng nhận cây giống sắn sạch bệnh, theo dõi sự lây lan và tiến hóa của mầm bệnh, xác định các giống sắn kháng bệnh và định hướng các biện pháp phòng trừ hóa học có mục tiêu.

Nghiên cứu khoa học giúp đưa ra phản ứng nhanh chóng. "Giải quyết những vấn đề nan giải này đòi hỏi nhiều năm hợp tác kiên trì và khoa học tiên tiến. Giờ đây, chúng ta đã được trang bị đầy đủ kiến thức để giải quyết trực tiếp những căn bệnh này và bảo vệ sản xuất sắn cho các thế hệ tương lai", TS.Cuellar cho biết.