Phân lập toàn hệ gen và khai thác cơ sở dữ liệu liên quan đến MLP (major-latex protein) từ họ protein PR-10 với chức năng bảo vệ cây kháng lại “phytopathogen” trong cây sắn (Manihot esculenta Crantz)
Nguồn: Unchera Viboonjun, Rawit Longsaward. 2024. Genome-wide identification and data mining reveals major-latex protein (MLP) from the PR-10 protein family played defense-related roles against phytopathogenic challenges in cassava (Manihot esculenta Crantz). Genetica; 2024 Aug 31. doi: 10.1007/s10709-024-00211-6. Online ahead of print
Dù đã được xác định từ nhiều công trình trước đây, nhưng protein PR-10 vẫn còn bị bỏ qua một cách tương đối, vẫn chưa được mô tả đầy đủ ở nhiều loài cây trồng. Nghiên cứu này khai thác một cơ sở dữ liệu đầy đủ, tiếp cận với phương pháp khai thác số liệu in silico định tính họ protein PR-10 trong cây sắn - loài cây trồng mang sự sống cho nhiều người trên thế giới. Người ta tập trung vào việc xác định in silico 53 protein PR-10 của sắn, chúng có thể được thành hai nhóm phụ (subgroups): 34 thuộc major latex proteins (MLPs) và 13 thuộc major allergen proteins, Pru ar 1, trên cơ sở tương quan di truyền huyết thống của chúng. Phân tích “collinearity” (tương đồng) hệ gen sắn với hệ gen cây cao su cho thấy có môi tương quan đồng dạng về tiến hóa của gen PR-10 giữa hai loài Euphorbiaceae này, đặc biệt là nhiễm sắc thể 15. Chú ý, MLP423 và những protein MLP được xác định theo dữ liệu khác nhau của transcriptome hệ gen cây sắn khi phản ứng với stress sinh học đối với nhiều nguồn sinh vật gây bệnh khác nhau, bao gồm nấm gây anthracnose, viruses, và bacterial blight. Dự đoán phân tử “ligand” (tín hiệu vi sinh xâm nhiễm) và sự lắp ghép phân tử của 3 protein MLP423 cho thấy tính tương tác đầy tiềm năng giữa cytokinin và abscisic acid. Sự biểu hiện của chúng và mối quan hệ ràng buộc theo dự đoán được người ta thảo luận. Kết quả phác họa được vai trò của chúng như những contributors trong hệ thống bảo vệ cây sắn đối với bệnh hại chính.
Không có nhận xét nào:
Đăng nhận xét