Tích hợp tòan bộ trình tự vi khuẩn A02 cố định đạm trong lá sắn
Nguồn: Danping Huang, Jie Ren , Xi Chen, Kashif Akhtar, Qiongyue Liang, Congyu Ye, Caiyi Xiong, Huahong He, Bing He. 2023. Whole-genome assembly of A02 bacteria involved in nitrogen fixation within cassava leaves. Plant Physiol.; 2023 Jun 12; kiad331. doi: 10.1093/plphys/kiad331.
Vi khuẩn cố định đạm nội sinh A02 thuộc chi Curtobacterium (Curtobacterium sp.); vi khuẫn này rất cần thiết trong biến dưỡng nitrogen (N) của cây sắn (Manihot esculenta Crantz). Người ta phân lập được chủng nòi (strain) A02 từ giống sắn SC205 và dùng phương pháp pha loãng đồng vị phóng xạ 15N để nghiên cứu tác động của A02trên tăng trưởng và tích lũy N ở cây sắn còn non. Bên cạnh đó, toàn bộ hệ gen được giải trình tự để xác định cơ chế cố định N của chủng nòi A02. So với nghiệm thức đối chứng: N thấp (T1), chủng strain A02 (nghiệm thức T2) cho kết quả tăng trưởng cao nhất trong khối lượng khô của lá và rễ cây sắn non, hoạt động nitrogenase cao nhất là 120.3 nmol·(mL·h) được ghi nhận trong lá, đó là vị trí chủ yếu cho colonization và N-fixation. Hệ gen của A02 có độ lớn phân tử là 3.555.568 bp và có một nhiễm sắc thể vòng, một plasmid. So sánh những genomes này của các vi khẩn ngắn kháccho thấy chủng nòi A02 biểu hiện sự tiệm cận trong tiến hóa đối với vi khuẩn nội sinh NS330 (Curtobacterium citreum) được phân lập trong cây lúa (Oryza sativa) tại Ấn Độ. Hệ gen của A02 bao gồm 13 gen nif cố định đạm, đó là 4 nifB, 1 nifR3, 2 nifH, 1 nifU, 1 nifD, 1 nifK, 1 nifE, 1 nifN, và 1 nifC, hình thành nên một cluster gen hoàn chỉnh cố định N độ lớn phân tử 8-kb chiếm khoảng 0,22% độ dài genome. Phân tử nifHDK của chủng nòi vi khuẩn A02 (Curtobacterium sp.) đồng nhất với Frankia khi so sánh chuỗi trình tự. Dự đoán chức năngcho kết quả số bản sao chép cao của gen nifB liên quan đến cơ chế bảo vệ oxygen. Kết quả cung cấp thông tin quan trọng về genome vi khuẩn có liên quan đến sự cung cấp N cho nghiên cứu transcriptomic và chức năng gen đích để làm tăng hiệu quả sử dụng N trong cây sắn.
Không có nhận xét nào:
Đăng nhận xét