Di truyền cây sắn bị nhiễm bệnh virus

 Di truyền cây sắn bị nhiễm bệnh virus

Nguồn: Rossitto De Marchi B, Kinene T, Krause-Sakate R, Boykin LM, Ndunguru J, Kehoe M, Ateka E, Tairo F, Amisse J, Sseruwagi P. 2020. Genetic diversity and SNP's from the chloroplast coding regions of virus-infected cassava. PeerJ. 2020 Mar 2; 8:e8632. doi: 10.7717/peerj.8632. eCollection 2020.

Sắn là cây lương thực quan trọng cho vùng cận Sahara, châu Phi; nó là nguồn lương thực rất giàu carbohydrates, proteins cho cư dân vùng này với hơn 800 triệu người. Tuy nhiên, sản lượng sắn ở đây đang bị đe dọa bởi dịch bệnh virus gây khảm sắn là “cassava mosaic disease” và “cassava brown streak disease”. Hiện nay, quản lý bệnh hại và kiểm soát bệnh hại bởi virus trên cây sắn chủ yếu tùy thuộc vào giống kháng. Do vậy, việc tìm ra gen kháng mới đối với bệnh do virus gây ra trên cây sắn là cấp thiết cho sự phát triển các giống sắn cao sản mới thông qua cải tiến giống truyền thống và kỹ thuật di truyền. Lục lạp (chloroplast) là mục tiêu tn công chính của virus khi chúng xâm nhập vào cây sắn để nhân quần thể lên. Lục lạp cũng là nguồn đầy tiềm năng để tìm kiếm ra gen kháng mới trong cải tiến giống sắn. Mẫu là sắn nhiễm bệnh và khỏe mạnh được thu thập tại nhiều đồng ruộng khác nhau ở Đông Phi thuộc các nước Tanzania, Kenya và Mozambique. Tách chiết RNA theo phương pháp chuẩn bị “cDNA library” và chạy trình tự “Illumina”. Kết quả “assembling” và “mapping” của những lần đọc (reads) được ghi nhận. Có 33 “chloroplast genomes” chưa đầy đủ, thu thập được. Phân tích di truyền huyết thống theo phương pháp “Bayesian” của 55 gen mã hóa “chloroplast protein” trong cơ sở dữ liệu với 39 “taxa”, và phương pháp chỉ thị SNP của “chloroplast dataset”. Phân tích di truyền huyết thống cho thấy mức độ đa dạng di truyền của chúng của hệ “chloroplast genome” chưa đầy đủ, thuộc những giống sắn bản địa ở Đông Phi. Đây là kết quả có nhiều bổ sung quan trọng, rất khoa học cho những công trình nghiên cứu trước đây về nguồn vật liệu kháng bệnh virus, giúp cho chương trình cải tiến giống sắn với đa dạng di truyền cao, đạt hiệu quả tốt hơn. Xem https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7058106/